Pedro Emanuel dos Santos Martins Silva começou a jogar futebol nas camadas jovens do Boavista onde jogou até aos 18 anos. Natural de Angola, o defesa central jogou depois em clubes como Marco, Ovarense e Penafiel antes de regressar ao Boavista na época 1996/1997 para a equipa principal.

No Boavista, Pedro Emanuel sagrar-se-ia campeão nacional sob as ordens de Jaime Pacheco antes de rumar ao FC Porto na época 2002/2003. Nos dragões, Pedro Emanuel conquistou tudo, nomeadamente uma Taça UEFA, uma Liga dos Campeões e uma Taça Intercontinental, para além de vários títulos internos.

E é no FC Porto que o defesa central termina a sua carreira de futebolista para começar a de treinador. Na época 2009/2010, Pedro Emanuel leva os juniores do FC Porto ao título de campeão nacional. Na época seguinte integra a equipa técnica de André Villas-Boas que arrasa a concorrência com quatro títulos, incluindo a Liga Europa.

Na época 2011/2012, a Académica de Coimbra convida Pedro Emanuel a assumir o comando técnico dos “Estudantes”, e logo na época de estreia o técnico português leva a formação de Coimbra à conquista da Taça de Portugal frente ao Sporting. Em 2012/2013, chegou ao fim o reinado de Pedro Emanuel em Coimbra: os maus resultados fazem mais uma vítima na liga portuguesa e o treinador sai para dar lugar a Sérgio Conceição.

Em 2013/2014, o Arouca garantiu a presença na I Liga e Pedro Emanuel será o treinador principal de uma equipa que irá lutar numa primeira instância pela permanência. A poucos dias do arranque do campeonato, o presidente do Arouca, Carlos Pinho, não poupa elogios ao trabalho que Pedro Emanuel tem desenvolvido no clube: «Pedro Emanuel? Já o conhecia há muito tempo e estou muito satisfeito. Faz um trabalho que uma pessoa até fica a olhar de boca aberta».