João Carlos Pires de Deus começou a sua carreira de futebolista nas camadas jovens do Vitória de Setúbal em 1990. Depois de vários anos a jogar nos vários escalões do clube sadino, João de Deus chega à equipa principal do Setúbal na época 1995/1996.

Depois de passagens por clubes como o Desportivo de Beja, Seixal, Estoril Praia, Lusitano Évora ou Barreirense, João de Deus regressa ao Vitória de Setúbal na época 2003/2004 onde termina a carreira de futebolista com apenas 27.

Mas a carreira de treinador de futebol de João de Deus não começa imediatamente com o “pendurar das chuteiras”. No último ano enquanto jogador, João de Deus tira uma licenciatura na área de Desporto e é convidado desde logo pela direção do Vitória de Setúbal a integrar a equipa técnica da época 2004/2005 como preparador físico. João de Deus aceita a proposta e nas épocas seguintes trabalha com treinadores como Luís Norton de Matos, Hélio Sousa e José Couceiro. Em 2007, João de Deus aceita o convite para integrar a equipa técnica da seleção de Cabo Verde, integrando no mesmo ano a equipa técnica dos angolanos do Interclube.

Entre 2008 e 2010, João de Deus assume o comando técnico da seleção cabo-verdiana de futebol onde elabora o plano de trabalho dos “Tubarões Azuis” para o apuramento do Mundial 2014, mas problemas financeiros acabaram por fechar, antecipadamente, o ciclo de João de Deus à frente da equipa que viria a ser sensação no CAN 2013.

Segue-se a experiência de treinar em Espanha, no AD Celta, na época 2010/2011. O confronto com o Barcelona de Pep Guardiola nos oitavos de final da Taça do Rei colocou na ribalta o técnico português que acabaria por sair para o Farense na mesma época.

Nas duas últimas épocas, João de Deus tem cimentado a sua posição de treinador principal com passagens pelo histórico Atlético e pela UD Oliveirense, clube que garantiu o sexto lugar na II Liga. Na próxima época, o técnico de 36 anos estreia-se na I Liga sendo o segundo treinador mais jovem do principal escalão do futebol português, atrás apenas do estorilista Marco Silva.